El Instituto fue fundado por el Dr. Bernardo Houssay en el año 1968 con el objetivo de desarrollar tareas de investigación básica y aplicada en Farmacología, así como la formación de recursos humanos idóneos para este campo disciplinario.
En el año 2005, por la Resolución (CS) Nº 4864/05 del Consejo Superior de la UBA se reglamento el Convenio Marco suscripto con el CONICET. En este documento se expresa la decisión de profundizar las acciones de complementación recíproca entre ambas instituciones para la promoción y ejecución de tareas de investigación científica, tecnológica y de formación de recursos humanos, tendientes a favorecer el desarrollo del conocimiento en el marco de coparticipación activa entre dichas instituciones.